InnoDB和MyISAM是在使用MySQL最常用的两个表类型，各有优缺点，视具体应用而定。基本的差别为：MyISAM类型不支持事务处理等高级处 理，而InnoDB类型支持。MyISAM类型的表强调的是性能，其执行数度比InnoDB类型更快，但是不提供事务支持，而InnoDB提供事务支持已 经外部键等高级数据库功能。

MyIASM是IASM表的新版本，有如下扩展：
二进制层次的可移植性。
NULL列索引。
对变长行比ISAM表有更少的碎片。
支持大文件。
更好的索引压缩。
更好的键吗统计分布。
更好和更快的auto_increment处理。

以下是一些细节和具体实现的差别：

1.InnoDB不支持FULLTEXT类型的索引。
2.InnoDB 中不保存表的具体行数，也就是说，执行select count(*) from table时，InnoDB要扫描一遍整个表来计算有多少行，但是MyISAM只要简单的读出保存好的行数即可。注意的是，当count(*)语句包含 where条件时，两种表的操作是一样的。
3.对于AUTO_INCREMENT类型的字段，InnoDB中必须包含只有该字段的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他字段一起建立联合索引。
4.DELETE FROM table时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除。
5.LOAD TABLE FROM MASTER操作对InnoDB是不起作用的，解决方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，导入数据后再改成InnoDB表，但是对于使用的额外的InnoDB特性（例如外键）的表不适用。

另外，InnoDB表的行锁也不是绝对的，如果在执行一个SQL语句时MySQL不能确定要扫描的范围，InnoDB表同样会锁全表，例如update table set num=1 where name like “%aaa%”

任何一种表都不是万能的，只用恰当的针对业务类型来选择合适的表类型，才能最大的发挥MySQL的性能优势.

MySQL有多种存储引擎：
MyISAM、InnoDB、MERGE、MEMORY(HEAP)、BDB(BerkeleyDB)、EXAMPLE、FEDERATED、ARCHIVE、CSV、BLACKHOLE。
MySQL支持数个存储引擎作为对不同表的类型的处理器。MySQL存储引擎包括处理事务安全表的引擎和处理非事务安全表的引擎：
◆ MyISAM管理非事务表。它提供高速存储和检索，以及全文搜索能力。MyISAM在所有MySQL配置里被支持，它是默认的存储引擎，除非你配置MySQL默认使用另外一个引擎。
◆ MEMORY存储引擎提供“内存中”表。MERGE存储引擎允许集合将被处理同样的MyISAM表作为一个单独的表。就像MyISAM一样，MEMORY和MERGE存储引擎处理非事务表，这两个引擎也都被默认包含在MySQL中。
注释：MEMORY存储引擎正式地被确定为HEAP引擎。
◆ InnoDB和BDB存储引擎提供事务安全表。BDB被包含在为支持它的操作系统发布的MySQL-Max二进制分发版里。InnoDB也默认被包括在所 有MySQL 5.1二进制分发版里，你可以按照喜好通过配置MySQL来允许或禁止任一引擎。
◆ EXAMPLE存储引擎是一个“存根”引擎，它不做什么。你可以用这个引擎创建表，但没有数据被存储于其中或从其中检索。这个引擎的目的是服务，在 MySQL源代码中的一个例子，它演示说明如何开始编写新存储引擎。同样，它的主要兴趣是对开发者。
◆ NDB Cluster是被MySQL Cluster用来实现分割到多台计算机上的表的存储引擎。它在MySQL-Max 5.1二进制分发版里提供。这个存储引擎当前只被Linux, Solaris, 和Mac OS X 支持。在未来的MySQL分发版中，我们想要添加其它平台对这个引擎的支持，包括Windows。
◆ ARCHIVE存储引擎被用来无索引地，非常小地覆盖存储的大量数据。
◆ CSV存储引擎把数据以逗号分隔的格式存储在文本文件中。
◆ BLACKHOLE存储引擎接受但不存储数据，并且检索总是返回一个空集。
◆ FEDERATED存储引擎把数据存在远程数据库中。在MySQL 5.1中，它只和MySQL一起工作，使用MySQL C Client API。在未来的分发版中，我们想要让它使用其它驱动器或客户端连接方法连接到另外的数据源。
当你创建一个新表的时候，你可以通过添加一个ENGINE 或TYPE 选项到CREATE TABLE语句来告诉MySQL你要创建什么类型的表：
CREATE TABLE t (i INT) ENGINE = INNODB;
CREATE TABLE t (i INT) TYPE = MEMORY;
虽然TYPE仍然在MySQL 5.1中被支持，现在ENGINE是首选的术语。
如何选择最适合你的存储引擎呢？
下述存储引擎是最常用的：
◆ MyISAM：默认的MySQL插件式存储引擎，它是在Web、数据仓储和其他应用环境下最常使用的存储引擎之一。注意，通过更改STORAGE_ENGINE配置变量，能够方便地更改MySQL服务器的默认存储引擎。
◆ InnoDB：用于事务处理应用程序，具有众多特性，包括ACID事务支持。
◆ BDB：可替代InnoDB的事务引擎，支持COMMIT、ROLLBACK和其他事务特性。
◆ Memory：将所有数据保存在RAM中，在需要快速查找引用和其他类似数据的环境下，可提供极快的访问。
◆ Merge：允许MySQL DBA或开发人员将一系列等同的MyISAM表以逻辑方式组合在一起，并作为1个对象引用它们。对于诸如数据仓储等VLDB环境十分适合。
◆ Archive：为大量很少引用的历史、归档、或安全审计信息的存储和检索提供了完美的解决方案。
◆ Federated：能够将多个分离的MySQL服务器链接起来，从多个物理服务器创建一个逻辑数据库。十分适合于分布式环境或数据集市环境。
◆ Cluster/NDB：MySQL的簇式数据库引擎，尤其适合于具有高性能查找要求的应用程序，这类查找需求还要求具有最高的正常工作时间和可用性。
◆ Other：其他存储引擎包括CSV(引用由逗号隔开的用作数据库表的文件)，Blackhole(用于临时禁止对数据库的应用程序输入)，以及Example引擎(可为快速创建定制的插件式存储引擎提供帮助)。
请记住，对于整个服务器或方案，你并不一定要使用相同的存储引擎，你可以为方案中的每个表使用不同的存储引擎，这点很重要。