InnoDB和MyISAM是在使用MySQL最常用的两个表类型，各有优缺点，视具体应用而定。基本 的差别为：MyISAM类型不支持事务处理等高级处理，而InnoDB类型支持。MyISAM类型的表强调的是性能，其执行数度比InnoDB类型更快， 但是不提供事务支持，而InnoDB提供事务支持已经外部键等高级数据库功能。MyIASM是IASM表的新版本，有如下扩展：
1、二进制层次的可移植性。
2、NULL列索引。
3、对变长行比ISAM表有更少的碎片。
4、支持大文件。
5、更好的索引压缩。
6、更好的键码统计分布。
7、更好和更快的auto_increment处理。InnoDB 是 MySQL 上第一个提供外键约束的引擎，除了提供事务处理外，InnoDB 还支持行锁，提供和 Oracle 一样的一致性的不加锁读取，能增加并发读的用户数量并提高性能，不会增加锁的数量。
InnoDB 的设计目标是处理大容量数据时最大化性能，它的 CPU 利用率是其他所有基于磁盘的关系数据库引擎中最有效率的。
InnoDB 是一套放在 MySQL 后台的完整数据库系统，InnoDB 有它自己的缓冲池，能缓冲数据和索引，InnoDB 还把数据和索引存放在表空间里面，可能包含好几个文件，这和 MyISAM 表完全不同，在 MyISAM 中，表被存放在单独的文件中，InnoDB 表的大小只受限于操作系统文件的大小，一般为 2GB。

以下是一些细节和具体实现的差别：

1、InnoDB不支持FULLTEXT类型的索引。
2、InnoDB 中不保存表的具体行数，也就是说，执行select count(*) from table时，InnoDB要扫描一遍整个表来计算有多少行，但是MyISAM只要简单的读出保存好的行数即可。注意的是，当count(*)语句包含 where条件时，两种表的操作是一样的。
3、对于AUTO_INCREMENT类型的字段，InnoDB中必须包含只有该字段的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他字段一起建立联合索引。
4、DELETE FROM table时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除。
5、LOAD TABLE FROM MASTER操作对InnoDB是不起作用的，解决方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，导入数据后再改成InnoDB表，但是对于使用的额外的InnoDB特性（例如外键）的表不适用。
6、InnoDB表的行锁也不是绝对的，如果在执行一个SQL语句时MySQL不能确定要扫描的范围，InnoDB表同样会锁全表，例如update table set num=1 where name like “%aaa%”

MyISAM和InnoDB优化：
key_buffer_size – 这对MyISAM表来说非常重要。如果只是使用MyISAM表，可以把它设置为可用内存的 30-40%。合理的值取决于索引大小、数据量以及负载 — 记住，MyISAM表会使用操作系统的缓存来缓存数据，因此需要留出部分内存给它们，很多情况下数据比索引大多了。尽管如此，需要总是检查是否所有的 key_buffer 都被利用了 — .MYI 文件只有 1GB，而 key_buffer 却设置为 4GB 的情况是非常少的。这么做太浪费了。如果你很少使用MyISAM表，那么也保留低于 16-32MB 的 key_buffer_size 以适应给予磁盘的临时表索引所需。
innodb_buffer_pool_size – 这对Innodb表来说非常重要。Innodb相比MyISAM表对缓冲更为敏感。MyISAM可以在默认的 key_buffer_size 设置下运行的可以，然而Innodb在默认的 innodb_buffer_pool_size 设置下却跟蜗牛似的。由于Innodb把数据和索引都缓存起来，无需留给操作系统太多的内存，因此如果只需要用Innodb的话则可以设置它高达 70-80% 的可用内存。一些应用于 key_buffer 的规则有 — 如果你的数据量不大，并且不会暴增，那么无需把
innodb_additional_pool_size – 这个选项对性能影响并不太多，至少在有差不多足够内存可分配的操作系统上是这样。不过如果你仍然想设置为 20MB(或者更大)，因此就需要看一下Innodb其他需要分配的内存有多少。
innodb_log_file_size 在高写入负载尤其是大数据集的情况下很重要。这个值越大则性能相对越高，但是要注意到可能会增加恢复时间。我经常设置为 64-512MB，跟据服务器大小而异。
innodb_log_buffer_size 默 认的设置在中等强度写入负载以及较短事务的情况下，服务器性能还可 以。如果存在更新操作峰值或者负载较大，就应该考虑加大它的值了。如果它的值设置太高了，可能会浪费内存 — 它每秒都会刷新一次，因此无需设置超过1秒所需的内存空间。通常 8-16MB 就足够了。越小的系统它的值越小。
innodb_flush_logs_at_trx_commit 是否为Innodb比MyISAM慢1000倍而头大？看来也许你忘了修改这个参数了。默认值是 1，这意味着每次提交的更新事务（或者每个事务之外的语句）都会刷新到磁盘中，而这相当耗费资源，尤其是没有电池备用缓存时。很多应用程序，尤其是从 MyISAM转变过来的那些，把它的值设置为 2 就可以了，也就是不把日志刷新到磁盘上，而只刷新到操作系统的缓存上。日志仍然会每秒刷新到磁盘中去，因此通常不会丢失每秒1-2次更新的消耗。如果设置 为 0 就快很多了，不过也相对不安全了 — MySQL服务器崩溃时就会丢失一些事务。设置为 2 指挥丢失刷新到操作系统缓存的那部分事务。
table_cache — 打开一个表的开销可能很大。例如MyISAM把MYI文件头标志该表正在使用中。你肯定不希望这种操作太频繁，所以通常要加大缓存数量，使得足以最大限度 地缓存打开的表。它需要用到操作系统的资源以及内存，对当前的硬件配置来说当然不是什么问题了。如果你有200多个表的话，那么设置为 1024 也许比较合适（每个线程都需要打开表），如果连接数比较大那么就加大它的值。我曾经见过设置为 100,000 的情况。
thread_cache — 线程的创建和销毁的开销可能很大，因为每个线程的连接/断开都需要。我通常至少设置为 16。如果应用程序中有大量的跳跃并发连接并且 Threads_Created 的值也比较大，那么我就会加大它的值。它的目的是在通常的操作中无需创建新线程。
query_cache — 如果你的应用程序有大量读，而且没有应用程序级别的缓存，那么这很有用。不要把它设置太大了，因为想要维护它也需要不少开销，这会导致MySQL变慢。通 常设置为 32-512Mb。设置完之后最好是跟踪一段时间，查看是否运行良好。在一定的负载压力下，如果缓存命中率太低了，就启用它。
sort_buffer_size –如果你只有一些简单的查询，那么就无需增加它的值了，尽管你有 64GB 的内存。搞不好也许会降低性能。

MYSQL 的Innodb 设置 最重要的地方有: innodb_buffer_pool_size 设为内存的70%-80%都是安全的.我在一个16G的机器上把它设成12G. UPDATE 关于它具体的查看http://www.mysqlperformanceblog.com/2007/11/03/choosing-innodb_buffer_pool_size/ innodb_log_file_size 这取决于你需要的回复速度.256M这个数值是适当的恢复时间和良好性能之间的一个好的平衡. innodb_log_buffer_size=4M 大多数情况4M足够,除非正将很大的blob数据导入到Innodb中可以增加一点. innodb_flush_log_at_trx_commit=2 如果你不是很关心ACID,可以容许在系统完全crash的情况下丢失最后一两秒的事务,那么可以设置这个值.它可以极大的提高”短”的写事务的效率. innodb_thread_concurrency=8 这个值取决于你的程序,可能高或者低.8是代表起始值. innodb_flush_method=O_DIRECT 避免双缓冲(double buffering)和降低swap的压力.大多数情况下可以提高性能.但是注意如果你RAID cache不够的话,写IO的操作会有麻烦. innodb_file_per_table 如果你的表不多可以使用这个选项.这样你就不会有不受控的innodb主表空间的增长,这个主表空间是不能重新定义的.这个选项在4.1版中引入,现在可以放心使用.   查看你的程序是否可以运行在READ-COMMITED 隔离模式下,如果可以,就可以设为默认的transaction-isolation=READ-COMMITTED.这个选项有一些性能的优势,特别是在5.0,5.1版和行级别的复制方面.